Malaysia akhirnya ditubuhkan pada 16 September 1963.Namun sebelum itu, Brunei yang sebelum ini termasuk dalam wilayah cadangan pembentukan Malaysia telah menarik diri. Singapura pula bersama Malaysia semasa ia ditubuhkan. Walaubagaimanapun, Singapura telah keluar dari negara ini selepas dua tahun sebahagian Persekutuan Malaysia.
BRUNEI
Sultan Omar Ali Saifuddin membatalkan rancangan kemasukan Brunei dalam persekutuan Malaysia kerana beberapa permintaan beliau tidak dipersetujui dan tidak dipatuhi oleh pemerintah tanah melayu.
Antara tuntutan Brunei seperti berikut:
- Menguasai semua hasil minyak
- Memegang autonomi hal-hal kewangan pada peringkat awal
- Mengekalkan semua pelaburannya
- Mengekalkan kadar percukaian yang rendah
- Meneruskan program pendidikan dan kebajikan
- Menuntut keselamatan Brunei dalam Malaysia terjamin
Meminta agar kekuasaan Sultan Brunei dalam Majlis Raja- Raja dikira daripada tarikh baginda menjadi Sultandan bukannya tarikh kemasukan Brunei ke dalam Malaysia.
Tuntutan paling utama ialah soal kekuasaan baginda dan soal penguasaan ke atas hasil minyak negerinya. Walaupun permintaan telah dipersetujui oleh Tunku Abdul Rahman tapi Sultan tetap mengambil keputusan untuk tidak menandatangani perrjanjian Malaysia . Hal ini kerana soal kekuasaan baginda tidak pertimbangkan secukupnya.
Seterusnya , selain baginda A,M Azahari yang memimpin rakyat Brunei telah menghantar satu memorandum kepada Majlis Mesyuarat Undangan negeri Brunei bagi menyatakan bantahan Parti Rakyat Brunei tetapi kerajaan British menangguhkan perbincangan memorandum.Hal ini membangkitkan kemarahan Parti Rakyat Brunei .
Kemuncak kepada penentangan ini , Parti Rakyat Brunei telah mencetuskan pemberontakan bersenjata kepada 8 Disember 1962 terhadap kerajaan Brunei sendiri supaya menolak penyertaan mereka. Dalam hal itu Indonesia secara terang terangan menyokong tindakan Parti Rakyat Brunei dan parti ini mendapat bantuan daripada Parti Komunis Indonesia (PKNI). Pemberontakan ini berjaya dipatahkan oleh kerajaan Brunei dengan bantahan kerajaan British dan perseketuan Tanah Melayu. Namun, fenomena ini menyebabkan Tunku Abdul Rahman berpendapat kemasukan Brunei boleh menimbulkan masalah politik. Justeru , penyertaan Brunei ke dalam Malaysia dibatalkan.
SINGAPURA
Sebelum pembentukan Malaysia lagi Lee Kuan Yew telah menegaskan walaupun Singapura bersetuju menyertai Malaysia, namun hal-hal yang terkandung dalam percantuman tersebut mestilah ditentukan bersama-sama dengan rakyat Singapura sendiri.Hal ini ditegaskan kerana Lee Kuan Yew ingin memastikan rakyatnya tetap mendapat keselesaan selepas penggabungan.
Pada 23 Ogos 1961, mesyuarat rasmi telah diadakan antara Singapura dengan Persekutuan Tanah Melayu dan mencapai persetujuan atas beberapa perkara . Antara perkara tersebut ialah menyatakan aspek pertahanan , hubungan luar dan keselamatan menjadi tanggungjawab persekutuan.Walaupun bagaimanapun , soal pendidikan dan tenaga buruh adalah dibawah bidang kuasa kerajaan Singapura . Perkara ini menjadi bidang kuasa Persekutuan Tanah Melayu dan negeri -negeri Melayu . Semua perkara tersebut termaktub didalam kertas putih dan di isytiharkan secara rasmi pada bulan November 1961.Selain itu,jumlah pewakilan Singapura yang akan masuk ke dalam Dewan Rakyat telah ditetapkan , iaitu seramai 15 orang.
Setelah 2 tahun Singapura berada di dalam Malaysia , hubungan Tanah Melayu dan Singapura menjadi mula menjadi tegang . Hal ini kerana banyak perselisihan faham telah timbul antara kerajaan Singapura dengan kerajaan Persekutuan Tanah Melayu . Antara isu yang timbul menjadi perbahasan hangat ialah soal ekonomi, parti dan perkauman . Bagi aspek ekonomi,Tanah Melayu , Singapura,Sabah dan Sarawak telah sepakat meemajukan sektor perindustrian dan perkilangan bersama.
Dalam hal ini , barang-barang yang dihasilkan digunakan dalam negeri dan bukan untuk diekspot ke luar negara. Keuntungan yang diperoleh akan dikongsi bersama . Namun, apabila Malaysia ditubuhkan, tidak banyak kemajuan ekonomi yang dicapai . Keadaan ini mengecewakan Singapura.
Dalam soal parti dan perkauman , Parti Tindakan Rakyat yang dipimpin oleh Lee Kuan Yew cuba bertanding dengan PERIKATAN dibawah pimpinan Tunku Abdul Rahman . PAP cuba untuk mengambil perhatian bahawa MCA tidak mampu untuk membangun dan memajukan orang cina.Kempen ini telah dijalankan oleh PAP sehingga pergerakan PAP dianggap sebagai satu pencerobohan ke atas hak istimewa orang Melayu . Dalam hal ini , PAP seakan akan melupakan pengorbanan orang melayu yang selama ini sanggup berkongsi kuasa dengan orang bukan Melayu . Keaadaan ini juga telah mencetuskan rusuhan pada 21 Julai 1964. Keadaan ini lebih teruk apabila Singapura memperjuangkan persamaan hak dan Kempan Malaysia untuk orang Malaysia yang dipimpin oleh Lee Kuan Yew.
Untuk merealisasikam cita-cita ini , Singapura telah membentuk 'United Opposition Front' yang kuat memperjuangkan konsep persamaan hak dan 'Malaysia Untuk Orang Malaysia'. Pelbagai usaha telah dijalankan oleh Tunku Abdul Rahman untuk meredakan keadaan tetapi tidak berjaya . Akhirnya, pada bulan Ogos 1965, Singapura mengambil keputusan untuk keluar daripada Malaysia.